雨果和父親大山生活在一個普通的小村莊里,但她卻去過一個不為人知的神奇之地,那里就是神秘世界。一個與人類世界平行的神奇空間,普通人進入神秘世界,三天后就會變成動物。傳說,是神創造了這個神奇的世界,每年會有99只動物被選到這里,并成為族民,族長是一只奇怪的動物,它叫啦啦,是雨果最好的朋友。雨果自從記事后,就沒有見過自己的媽媽。大山告訴雨果,媽媽常年在外進行科考工作。雨果非常想念媽媽,經常給她寫信。一天,雨果突然發現,她寫給媽媽的信并沒有寄走,而是被大山藏了起來。雨果追問媽媽的下落,大山不得已說出了埋藏在心底多年的真相。原來,雨果的媽媽也曾經發現過神秘世界。為了尋找媽媽的下落,雨果和大山再次前往神秘世界。雨果的出現,為神秘世界帶來了一個充滿驚喜的早晨。雨果與神秘世界中的好朋友們再次重逢,族長啦啦的法術進步神速,熊大叔暗戀上了功夫與美貌并存的原住民首領蘭。好朋友們正沉浸在重逢的喜悅中,一只瘋瘋癲癲的企鵝出現,它說神秘世界即將毀滅,因為有一只惡龍闖入了神的領地......